事件から７年。アメリカ中西部の空港。バイオテロや薬害被害者救済を行うべく、NGOに所属していたクレア・レッドフィールドは空港利用客の中にゾンビを発見。
その後、続々と一般客や空港職員が感染していき空港内は大パニックとなる。時同じくして、空でも旅客機内でウィルス感染者が出たことで緊急着陸するべく空港へ向ったが、パニックになっているロビーへ激突。
さらに機内から降りてきた乗組員や乗客らは皆ゾンビ化していた。
一方、テロリストから、7年前に隠蔽したラクーンシティ消滅事件を全て公表しろとの要求を受けた大統領は、直轄のエージェント、レオン・S・ケネディに任務を授け、事態鎮圧の特別指揮官として空港へ向かわせる。
レオンはクレアや地元警察特殊部隊に属するアンジェラ・ミラーたちと共にゾンビ撃退をしながら残された利用客を救い出し、バイオテロ鎮圧を行う中、やがて黒幕の存在に気づき始める・・・

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